一、原料質量控制

有機肥料原料的好壞，直接影響產品的質量。不同原料中有機質和其他養分的含量差別很大，例如同樣是雞糞，蛋雞糞便的養分含量遠高于肉雞，這是由于蛋雞和肉雞的養殖方式不同。畜禽糞便中，豬糞的養分含量高于牛糞，雞糞的養分含量高于豬糞。

不同的有機肥原料的形成過程決定了其養分含量的差異，如作物秸稈有機質含量豐富，但氮、磷、鉀含量相對較低；人的糞便氮含量較高，且容易分解；雞、豬、牛糞便的養分含量一方面受畜禽吸收的影響，另一方面受飼料成分的影響。在收購有機肥料原料時，盡量收購氮、磷、鉀養分含量高的原料。

在有機肥料原料產生和收購過程中容易混入各種雜質，如雞糞在堆積過程中不可避免地混入土，墊圈過程中各自墊圈料也會對其產生影響，這些在一定程度上降低了糞便的養分含量。因此，在收購原料時盡量選雜質少的原料，并引導養殖戶改加對糞便養分含量影響較小的墊料，如草炭、稻殼粉、過磷酸鈣等，盡量少加墊料。

由于垃圾、污泥等城市廢物中含有較高的有機質和氮、磷、鉀等養分，所以也可用于加工有機肥料，只是需要監控這些有機廢物含有的有害物質。隨著肥料法規的健全，國家也加強了對肥料產品中重金屬、放射性、微生物病菌等有害物質的檢查。