化肥是重要的農業生產資料，是農業生產和糧食安全的重要保障，然而不合理的施肥導致了很多環境問題。

化肥的使用量日益增大，由此對環境帶來了影響，這些影響表現在：在肥料中混雜的有害成分，被茶樹吸收而儲存在茶葉中，通過飲用影響人的身體健康。長期施用化肥，茶園有機質減少使地力下降，土壤物理化學性質和生物學性質變壞，而影響到茶葉的產量和質量。肥料成分，特別是氮肥自土壤中滲人地下水或流人池塘、江河、湖海，造成水體污染。

增加土壤重金屬和有毒元素。重金屬是化肥對土壤產生污染的主要污染物質，進入土壤后不僅不能被微生物降解，而且可以通過食物鏈不斷在生物體內富集，甚至可以轉化為毒性更大的甲基化合物，最終在人體內積累危害人體健康。土壤環境一旦遭受重金屬污染就難以徹底消除。產生污染的重金屬主要有Zn、Ni、Cu、Co和Cr。

從化肥的原料開采到加工生產，總是給化肥帶進一些重金屬元素或有毒物質，其中以磷肥為主，我國目前施用的化肥中，磷肥約占20%，磷肥的生產原料為磷礦石，它含有大量有害元素F和As，同時磷礦石加工過程還會帶進其他重金屬，如Cd、Hg、As、F，特別是Cd。

另外，利用廢酸生產的磷肥中還會帶有三氯乙醛，對作物會造成毒害。所以對用重金屬含量高的磷礦石制造的磷肥要慎重使用，以免導致重金屬在土壤中的積累。導致營養失調，造成土壤硝酸鹽累積。

目前我國施用的化肥以氮肥為主，而磷肥、鉀肥和復合肥較少，長期這樣施用會造成土壤營養失調，加劇土壤P、K的耗竭，導致硝態氮累積。硝酸根本身無毒，但若未被作物充分同化可使其含量迅速增加，攝入人體后被微生物還原為亞硝酸根，使血液的載氧能力下降，誘發高鐵血紅蛋白血癥，嚴重時可使人窒息死亡。同時，硝酸根還可以在體內轉變成強致癌物質亞硝胺，誘發各種消化系統癌變，危害人體健康。