有機肥料種類多，成分復雜，均勻性差，給采樣帶來很大困難。能充分認識到這些復雜因素，采用正確的采樣方法才能得到一個有代表性的分析樣品。有機肥料樣品的采集，應根據肥料種類、性質、研究的要求（如各種綠肥的樣品采集期和部位）的不同，采用不同的采樣方法。

一、堆肥、草塘泥、漚肥等樣品的采集

這類肥料一般在室外呈堆積狀態，必須采用多點采樣，點的分布應考慮到堆的上中下部位和堆的內外層。或者在翻堆時采樣，點的多少視堆的大小而定，朋檢科技建議一個肥料堆可取20-30點，每個點取樣0.5kg，置于塑料布上，將大塊肥料搗碎，充分混勻后，以四分法取約5kg，裝入塑料袋中并編號。

準確稱取1-2kg，攤放在塑料布上，令其風干。風干后再稱重，計算其水分含量，以作為計算肥料中養分含量的換算系數。

二、人畜糞尿及沼氣肥料采樣

將肥料攪勻，用鐵制或竹制的圓筒，分層分點采樣，混勻后送樣品室處理。

三、新鮮綠肥樣品的采集

在綠肥生長比較均勻的土地中，視土地形狀大小，按S形隨機布點，工取10個點，每點采取均勻一致的植株5-10株，送回室內處理。

采集的樣品往往數量大，隨放置時間的延長其成分會有變化，朋檢科技建議及時制備。測定其成分含量時，除銨態氮和硝態氮或有特定要求需采用新鮮樣品外，一律采用干樣品。